Debemos visitar, igualmente, la Ermita de los Santos Mártires, en la que según la tradición habrían encontrado la muerte los santos Críspulo y Restituto, en el contexto del ansia de martirio propio de los exaltados mozárabes de los tiempos emirales. Siempre según la leyenda, de la sangre de los mártires habría brotado una flor en la roca de la que procedería el actual nombre de Peñaflor.
La ermita, en todo caso, está reutilizando un antiguo hipogeo romano, relacionado con la necrópolis de la que antes hablábamos. Tiene planta rectangular y está dividida en dos pequeñas salas cuadradas. Por debajo del altar que se sitúa en una de las salas se podría acceder a un pasadizo subterráneo que según los lugareños tendría diversos puntos de salida por otros lugares de Peñaflor. Parece, incluso, que en los tiempos posteriores a la Guerra Civil de 1936 esos escondrijos de remoto origen fueron refugio de un “topo” republicano que en ellos habitó durante muchos años.